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基于转录组信息的细叶百合 HSF 基因家族生物 信息学分析

2024-06-29 发布
首页 / 毕业论文 915 0 0

Jiazzzsw

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本帖最后由 Jiazzzsw 于 2024-7-5 15:51 编辑

热激转录因子(heat shock transcription factor, HSF是帮助植物在逆境环境下调控自身代谢的重要转录因子,而细叶百合相比于其他百合种植物具有强适应性,是一种耐盐、耐高温、耐干旱的植物。本研究从细叶百合转录组数据中提取出15HSF转录因子(LpHSF01~LpHSF15),通过生物信息学的方法对这15个细叶百合HSF基因家族分别进行理化性质分析、蛋白保守基序预测、蛋白二三级结构预测、亚细胞定位和盐胁迫下的表达模式分析,且和拟南芥、水稻的HSF蛋白序列做多序列比对和系统发育分析。这15个细叶百合HSF都属于疏水性蛋白,氨基酸数量和相对分子质量差异大,同时在拟南芥、水稻和细叶百合三种植物中都有明显重复的蛋白序列,在HSFABC三个亚家族中都有分布,蛋白保守基序预测质量良好,具有相同模体,二级结构中α-螺旋和卷曲较多,结构不稳定,亚细胞定位均位于细胞核中,同时该家族成员均不具有信号肽,在200mM/LNaCl盐胁迫下少数基因表达量上调,大部分基因表达量不变或者下降


基于转录组信息的细叶百合 HSF 基因家族生物 信息学分析(简版).pdf.pdf

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热激转录因子(heat shock transcription factor, HSF)是帮助植物在逆境环境下调控自身代谢的重要转录因子 ...

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